Faz || konjugasyon reaksiyonlarının en önemlisi glukuronidasyondur. Bu reaksiyon kendiliğinden oluşmaz, glukuronik asit üridin difosfat adı verilen glukuronik asidin aktive edilmiş şekline gereksinimi vardır. Mikrozomal glukuronil transferazlar aktive edilmiş glukoronik asidi bir alıcı moleküle bağlar. Alıcı molekül bir fenol veya alkol ise bir eter glukuronid oluşacaktır. Karboksil içeren moleküllerle bir ester glukuronid oluşur. Bunların hepsi O-glukuroniddir. Amirlerden N-glukuronidler da oluşur ve bunlar O-glukuronidlerin aksine bakteriyel B-glukuronidazlara dirençlidir.

Çözünür sitoplazmik sulfotransferazlar aktive edilmiş sulfatı (3’-fosfoadenin 5’-fosfosulfat) alkoller ve fenollerle konjuge eder. Konjugatlar asittir, glukuronidlerde olduğu gibi. Bu açıdan onlar asetiltransferazlarla aktive edilmiş asetat (asetil koenzim A) ve bir alkol veya bir fenolden oluşturulan konjugatlardan farklıdır.

Asiltransferazlar karboksilik asitlerle glisin veya glutamin gibi aminoasitlerin konjugasyonunun yer alır. Bu durumlarda, alıcının karboksil grubu ve verici molekülün amin grubu arasında bir amid bağı oluşur (salisilik asit ve glisinden sakisilürik asit oluşumu) Glisin veya glutaminin asit grupları serbest kalır.